昆虫類
巴川下流域から中流域では、ハエ、アブ、ユスリカ等が生息し、巴川中流域の一部草地や樹林が残っているところでは、モンシロチョウ、ベニシジミ、ヨモギハムシ、ハナアブなどが生息しています。麻機遊水地では、ヨシなどの高茎植物が生育し、45種類に及びトンボ類やタイコウチなどの水生昆虫が生息し、またヒシなどの浮揚植物が生育する良好な水辺環境に生息するチョウトンボが確認されています。さらに40種のチョウ類が確認されています。上流域では、ベニシジミ、ヤマトシジミ、ウラナミシジミ、ハナアブ、ヨモギハムシなどが生息しています。
また、周囲を山に囲まれた上流域では、キチョウなど、中下流部ではみられなかった種も確認されています。
静岡県RDB等にとりあげられた種としては、モートンイトトンボ（静岡県RDB：絶滅危惧Ⅱ類）、ギンイチモンジセセリ（静岡県RDB：要注目種、環境省RDB：準節滅危惧種）が確認されています。