魚類
巴川下流部は、河口から約5kの能島橋上流付近までが感潮区間となり、マハゼ、ボラなどが生息しています。
巴川中流部は、平瀬や河床が泥砂の緩やかな流れが分布することから、オイカワ、モツゴなどが多く生息し、さらに中流から下流にかけてヌマチチブが生息しています。また、砂とともに餌を捕食するカマツカや砂泥底や砂礫底で抽水植物が茂る水際でカワアナゴが生息しています。その他にも、アユ、アブラハヤ、シマヨシノボリなどが生息しています。麻機遊水地では、浅畑沼があった時代から水田へと土地改良が進められ、沼が消失したことにより一度その姿を消していますが、遊水地の整備により、在来種のモツゴ、ギンブナ、ゲンゴウロウブナなどが生息するようになっています。一方で、カムルチーなどの要注意外来生物も確認されています。
巴川上流部は、早瀬と淵が見られることから、タカハヤ、オオヨシノボリなどが生息しています。
大谷川放水路は、河床に配置された護床ブロックがあることから、固い基底に生息するヌマチチブ、流れの緩やかな淵に生息し水草に産卵するコイ、海と川を行き来するウナギ、感潮域を中心に広く生息するボラなどが生息しています。
長尾川の上流部は、瀬や淵が交互に現れる環境を反映して、カワヨシノボリ、オオヨシノボリ、タカハヤ、また河床は砂礫で構成されることから石の表面の付着藻類を食べるアユも生息しています。
大沢川は、コンクリート護岸及び底張工が施された区間が長く、魚類の生息環境としては単調であるが、シマヨシノボリ、オイカワ、モツゴが多く生息していが、上流部は下流部と異なり、タカハヤ、オオヨシノボリなどが生息しています。
静岡県RDB等にとりあげられた種としては、メダカ（静岡県RDB：絶滅危惧ⅠA類、環境相RDB：絶滅危惧Ⅱ類）、ホトケドジョウ（静岡県RDB：絶滅危惧Ⅱ類、環境相RDB：絶滅危惧ⅠB類）、チワラスボ（静岡県RDB：絶滅危惧Ⅱ類）、アユカケ（静岡県RDB：準絶滅危惧）、タネハゼ（静岡県RDB：要注目種）、ヒナハゼ（静岡県RDB：要注目種などが確認されています。