治水事業の沿革
波多打川で本格的な改修が実施された年代は定かではないが、昭和20年代には県単独事業等により一次改修が完了し、全区間を通じて護岸が整備されている。
また、河口部では昭和37年に清見潟の埋め立てに着手し、昭和45年には波多打川から東側の興津の海を埋め立てた興津埠頭が完成し、現在の河道となった。それ以降、主な改修事業は行われていない。
流域の浸水被害は、昭和49年以降、平成10年９月に内水による家屋浸水被害が１戸発生した記録が残っているのみで、その他、豪雨等による家屋の浸水被害は発生していない。
過去の津波被害に関しては、安政元年（1854年）に発生した安政東海地震により、巴川河口東岸部の「向島」の浜を乗り越えて湊を襲い、停泊していた廻船や漁船の大破など、甚大な被害をもたらした記録が残っている。
これまでに、静岡県第3次地震被害想定（平成13年）に基づく津波対策として、堤防の嵩上げが実施された。
浸水状況（出典：波多打川水系河川整備計画）
近年の浸水実績（出典：波多打川水系河川整備計画）