河川流況
巴川の上土水位観測所（22.03km2）における平均低水流量（H7～H16）は約1.2m3/s、同じく平均渇水流量は約0.8m3/sとなっており、流域面積100km2当たりの平均低水流量は5.6m3/s、平均渇水流量は3.5m3/sと比較的豊かな流況を示しています。
河川水質
水質調査
巴川は昭和47年8月にC類型に指定されました。公共用水域水質測定結果によれば、巴川の水質環境基準点である区境巴川橋地点において、昭和48年度から平成12年度は環境基準類型指定値の5mg/l（BOD75%値）を上回っていましたが、平成13年度以降は超過した年度があるものの、概ね基準を満足するまでに改善されてきています。また、港橋では平成2年以降概ね水質環境基準を満足しています。
昭和61年から平成2年（5年間）までの支川の水質は、巴川本川よりも悪化しており、これは家庭からの生活排水の影響と考えられます。
水質の経年変化図（BOD）
水質観測地点位置図
巴川と支流各地の水質
底質
平成16年度に麻機遊水地第4工区において環境基準を超えるダイオキシン類が検出されました。
これを受け、水質及び底質の浄化対策について専門家による巴川遊水地第4工区浄化対策検討委員会を設置し、対策案の検討を進めました。
同検討委員会の提言を受け、恒久化対策としては汚染汚泥の完全撤去が望ましいもの現時点では莫大な費用がかかることから、現況水域を存置しつつ固化処理・覆砂する試験工法に着手し、データ収集を行いながら準恒久化対策を進めています。
浄化対策検討委員会の開催の様子