鳥類
馬込川流域を含む浜名湖から天竜川の範囲において確認されている鳥類は、18目49科228種（昭和39～53年）である。日本産の鳥類は約500種類弱といわれており、概ねその半数がみられることになる。
馬込川河口部は、芳川との合流点で変化に富んだ自然があり、干潟、アシ原、草原には四季を通して多くの野鳥がみられる。河辺植生が豊富で、スズカモ・ホシハジロ・キンクロハジロ・マガモ等のカモ類、シギ・チドリ類、コイサギ等サギ類などの水鳥が飛来してきている。また、ここのアシ原は、数万羽のツバメやスズメ、オオヨシキリなどの営巣地となっている。また、中州ではカワウも生息している。カモ類やサギ類などは、冬季馬込川の中・上流にも群れをなしている姿をみることができる。
静岡県ＲＤＢ等にとりあげられた種としては、ツバメ、ヨシゴイ（静岡県ＲＤＢ：絶滅危惧ⅠＢ類、環境省ＲＤＢ：準絶滅危惧）、オジロワシ・チュウヒ（いずれも静岡県ＲＤＢ：絶滅危惧ⅠＢ類、環境省ＲＤＢ：絶滅危惧ⅠＢ類）、コアジサシ（静岡県ＲＤＢ：絶滅危惧ⅠＢ類、環境省ＲＤＢ：絶滅危惧Ⅱ類）、ツルシギ（静岡県ＲＤＢ：絶滅危惧ⅠＢ類）などが確認されている。
ツバメ