植物
馬込川河口部にはアシの密生した群落が広がっている。アシの群落内は野鳥にとって大切な営巣地となっている。また、アシの内陸寄りにはハマボウの低木が見られる。河口の西側に広がる砂浜には、ハマヒルガオ、ハマエンドウ、コウボウムギなどの代表的な砂浜の植物が生息する。
御陣屋川では堤防にはサクラ並木と、コセンダングサ、オオオナモミ、オニウシノゲグサなどの草本がみられ、河道内にはミクリやヨシが群落を形成している。
芳川では、沿川にカンナの植え込みがあるほか、上流ではヨシクラス、下流ではイネクラスが分布している。
静岡県ＲＤＢ等にとりあげられた種としては、ヤマトミクリ（静岡県ＲＤＢ：絶滅危惧Ⅱ類、環境省ＲＤＢ：準絶滅危惧）が確認されている。
ミクリ（御陣屋川）