魚類
馬込川水系各河川及び支川に生息する魚類としては、全域にわたってギンブナ、オイカワ、タイリクバラタナゴがみられる。馬込川上流部および御陣屋川ではカマツカ、モツゴ、ニゴイ、ギンブナ、ドジョウ、ミナミメダカなどが生息している。中流～下流部ではヨシノボリ、ヌマチチブなどが生息している。馬込川河口部では、マハゼ、ボラなどが生息している。
静岡県ＲＤＢ等にとりあげられた種としては、トウカイコガタスジシマドジョウ（静岡県RDB : 絶滅危惧ⅠB類(EN) ,環境省レッドリスト：絶滅危惧ＩＢ類(EN) ）、ミナミメダカ（静岡県RDB:絶滅危惧Ⅱ類（VU）, 環境省レッドリスト：絶滅危惧Ⅱ類(VU)）、テングヨウジ（静岡県RDB:要注目種(Ｎ-Ⅲ部会注目種)）、ヒモハゼ（静岡県RDB:絶滅危惧Ⅱ類（ＶＵ），環境省レッドリスト：準絶滅危惧（ＮＴ））などが確認されている。
