河川環境
波多打川では昭和30年以降、本格的な改修が行われておらず、豊かな自然や昔ながらの山里の風景が多く残っている。
水質については、環境基準の類型指定はされていないが、平成16年以降のBOD年平均値は概ね1mg/ℓ以下で推移しており、良好な状況である。
生物では、感潮区間を有する下流部では、オイカワやアブラハヤなどの淡水魚のほか、砂泥を産卵場とするシマドジョウ、海水・汽水魚であるスズキやボラ、マハゼなどが確認されており、河岸にはススキやカラスウリなど、多様な植生が見られる。瀬や淵が連続する上流部では、アブラハヤのほか渓流を好むアマゴやタカハヤ、クロヨシノボリなども確認されるなど、箇所ごとの状況に応じた多様な動植物の生息・生育・繁殖環境が形成されている。
また、波多打川は、近隣の興津川や庵原川とともに、清水の代名詞であるシロウオが遡上・営巣し、産卵する数少ない河川の一つとなっており、遡上量が多いことで知られる興津川で河口閉塞が発生した場合、波多打川と庵原川が年魚であるシロウオの生命線になることから、シロウオの大敵となる濁水を生じさせる河川工事は同時期に行わないよう配慮が必要である。
なお、河道には急な河床勾配をコントロールするため落差工が多く配置されており、魚類等生息生物の移動等が制限されている箇所も見受けられるため、河川整備の実施に際しては、河川上下流の連続性や河川周辺との繋がりの確保など、自然環境への配慮が求められる。