河川流況
馬込川の水量は、天竜川からの導水（10.85m3/sec）により豊富で、涸れ川になることはほとんどない。
馬込川の松江観測所における平均低水流量（平成9年～平成25年）は約4.24m3/sec、同じく平均渇水流量は約2.95m3/sとなっており、豊かな流況となっている。
河川水質
馬込川は、昭和48年4月1日に環境基準を設定し、茄子橋より上流にC類型（BOD 5mg/l）、それより下流がD類型（BOD 8mg/l）に指定された。その後、平成10年4月に、下流区間の環境基準をC類型に見直した。なお、芳川については環境基準の類型指定はされていない。
馬込川のBOD値は経年的に低下傾向にあり、75%値で環境基準を遵守している。
芳川のBOD値は、平均値では環境基準値（5mg/l）を上回るが近年改善傾向にあり、評価基準となる75%値では環境基準を満足し、安定している。
水質調査地点におけるBODの経年変化