両生類・爬虫類･他
菊川流域で見られるその他の注目する必要がある両生類としてトノサマガエル（静岡県RDB 要注目種）が確認されています。
一方、流域には特定外来生物に指定されたウシガエルが確認されています。
特定外来生物は、菊川流域の本来あるべき生態系に悪影響を及ぼす可能性があることから、今後の河川環境の整備と保全を図る上での新たな課題となっています。
菊川,高松川,牛淵川,小笠高橋川,江川,丹野川,古谷川,内谷川,黒沢川,新田川,与惣川,下小笠川,畑ヶ谷川,谷本川,亀惣川,佐束川,小貫川,稲荷部川,上小笠川,栗原川,五百済川,小出川,西方川,沢水加川,富田川