植物
菊川流域の河川沿川では、ツルヨシやオギをはじめとする湿性草地を形成する種が広い地域で確認されています。
上流部から下流部では、水際に繁茂するツルヨシ群落や、河川の高水敷に繁茂するオギ群落が見られ、中流部から河口部では、水際に繁茂するヨシ群落が広く生育しています。
また、注目する必要がある植物として、水路などに生育しているフサモ（静岡県RDB 要注目種）や、休耕田や河原に生育しているミゾコウジュ（静岡県RDB 準絶滅危惧）が確認されています。
河口部では、ヒメナミキ（静岡県RDB 絶滅危惧Ⅱ類）が確認されています。