狩野川,観音川,沼津江川,浪人川,黄瀬川,雨降川,桃沢川,谷津川,梅の木沢川,佐野川,裾野大久保川,金沢川,用沢川,又沢川,下和田川,深良川,久保川,西川,柿田川,境川,大場川,函南観音川,御殿川,夏梅木川,三島山田川,沢地川,徳倉宮川,泉川,入田川,来光川,柿沢川,堂川,函南冷川,韮山古川,狩野川放水路,江間川,戸沢川,長瀬川,深沢川,山田川,小山田川,野尻川,古川,修善寺川,神戸川,湯舟川,大見川,年川,大見西川,中伊豆山田川,城川,梅木川,冷川,徳永川,木橋川,京入道川,管引川,地蔵堂川,原保川,冷小川,修善寺深沢川,柿木川,奥山川,嵩田川,船原川,数沢川,下り沢川,田沢川,吉奈川,入洞川,長野川,持越川,猫越川,宗光寺川,渡戸川放水路,洞川
狩野川中部の自然環境に関しては、流域東縁部にあたる箱根山系や丹那山系の分水嶺一帯と、流域南西端にあたる伊豆の国市の山地の一部が、富士箱根伊豆国立公園（特別地域）に指定されています。
狩野川中部の植生は、山林の大半がスギやヒノキ等の人工林ですが、来光川上流域に位置する函南原生林では江戸幕府直領の禁伐林であったため、ブナやアカガシなどの自然豊かな植物群落が見られ、集落に近い丘陵地や低山地には里山も点在しています。また、狩野川中部では鳥類のミゾゴイ、サンショウクイ、オオタカ、ヒバリシギ、タカブシギ、昆虫のウラナミアカシジミ、ホンサナエ、陸産貝類のハナコギセルなどの貴重な野生生物が生息が確認されています。
清住緑地