自然環境
上流域
上流域の左岸側は、シイ群落や針葉樹林が河岸に繁茂し、河畔林を形成しています。上流域は河川勾配が約60分の1の急な河床勾配であることから土砂の流入が著しく、砂防指定地に指定され落差工が設置されています。これに加え、季節を問わず瀬涸れが頻発していることからも生物の移動が阻害されるなどの弊害が生じています。
中流域
上流域とともに季節を問わず瀬涸れが常態化しており、河畔にはカナムグラ、コセンダングサ等の通常は川のそばではなく草地に生育する植物が繁茂しています。また乾燥した河床の跡には植生の無い裸地も見られます。竜今寺川流域に位置する中新井池の「オニバス」が県指定の天然記念物に指定されています。
下流域
流水のある下流部では、河床にはツルヨシなどが繁茂し、澪筋を覆っています。緩流域の水草を産卵場とするメダカや瀬を生息場とするカワヨシノボリ類の他、緩やかな砂泥底を生息場とするテナガエビ等の底生生物が生息しています。他に魚類では重要な種として、ウナギが確認されています。河口の遠州灘海岸線は、御前崎遠州灘県立自然公園に指定されており、平地部は鳥獣保護区に指定されています。海の干満の影響を受ける感潮域であり、海水混じりの汽水域であるため海の魚であるボラやマハゼ等が生息し、それらを餌とするアオサギが飛来しています。
現存植生図
魚類
竜今寺川では、下記の魚類が確認されています。
河口
ウナギ、コトヒキ、ボラ、マハゼ、ヒメハゼ、ヌマチチブ
下流域
メダカ、ヨシノボリ類
中流域
ウナギ
上流域
メダカ