河川環境
萩間川の水質に関しては、萩間川全区間が環境基準のB類型(BOD値：３mg/l以下)に指定されており、環境基準点の港橋におけるBOD75%値は近年、環境基準値を満足している。また、萩間川の上流部や支川の水質観測は、下流に比べて比較的良好である。
河口から２km付近までの感潮区間である下流部では、ヨシ、セイコノヨシ、オギなどの植生が見られる。干潮時にはわずかながら干潟が出現し、シギ類やコアジサシなどの鳥類が見られるほか、水域ではハゼ類やボラなど汽水環境を生息場とする魚類が見られる。また、静岡県のレッドデータブックで「絶滅危惧IA類（CR）※」に位置づけられているシロウオの産卵も確認されている。
女神・男神付近を境に勾配の緩い沖積平野を流下する中流部では、ツルヨシのほか、オギなど改修河川の攪乱域に特有の植生が優占している。また、水田地帯でよく見られるサギ類やタゲリなどの鳥類が確認されており、水域にはオイカワやギンブナが多く見られ、貴重種であるメダカも確認されている。
谷底平野を流下する上流部では、土砂堆積による砂州が発達し、水際にはツルヨシやイヌビエが、河岸部にはヤナギの低木が見られる。河原ではサギ類のほか、カワセミの飛翔も確認されている。水域ではオイカワやギンブナが多く見られ、ホトケドジョウやタカハヤなども確認されている。
萩間川では、河床勾配が急であることや農業用水の取水があることから、落差工が多く存在し、河川改修による水域のコンクリート護岸整備などにより、魚類の移動等が阻害されており、縦横断方向の生態系の連続性の確保が課題である。
※ごく近い将来における野生での絶滅の危険性が極めて高いもの。