自然環境
山居沢川では、河床勾配が急であるため落差工が多く設置され、河岸もコンクリートにより築造されています。
また、山居沢川をはじめとする由比・蒲原地区の河川は、かつて海岸部分が埋め立てられ鉄道や主要幹線道路が整備されたことにより、河川域と海域との接点となる河口部にコンクリート製のボックスカルバートや波消ブロックなどの人工構造が配置されています。
魚類調査結果
山居沢川では魚類調査が実施されていません。ただし、山居沢川の河口域の蒲原海岸に、アカウミガメ（絶滅危惧ⅠB（EN））が産卵のため上陸していることが確認されています。アカウミガメの保護のため、NPOによる保護活動や、旧蒲原町主催で子ガメの放流会などが行われています。